merging mast branch back in.

examples/runs_mpi_cv.sh

src/Makefile.am

src/atomic.h

src/cell.c

src/cell.h

src/common_io.c

src/common_io.h

src/const.h

src/debug.c

src/debug.h

src/engine.c

src/engine.h

src/error.h

src/inline.h

src/intrinsics.h

src/kernel.c

src/kernel.h

src/lock.h

src/map.c

src/map.h